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Les séquences flash back étant présentées comme des réminiscences de Leon, le jeu se permet quelques petits écarts de scénario qui pourrait peut-être amener quelques critiques un peu déplacer de certain fan, un peu trop adepte à l'histoire originale de la série. Bref pour moi je trouve cela excellent et respecte totalement les développeurs et leurs désirent d'apporter un petit plus au scénario. Le format rail shooter l'imposait, sans doute allé savoir !. Mais pour ce qui a trait au gameplay, pas de surprise, on se retrouve en terrain connu déjà par son prédécesseur.

Ce jeu, divisé en trois chapitres, retracent les péripéties de Leon S. Kennedy et Claire Redfield dans différentes circonstances. À part le chapitre sur Racoon City et le virus Veronica, le reste est inédit. Ces trois chapitres permettent d'éclairer les points compliqués sur l'histoire de la saga. Cela nous permet de voir à quel point resident evil est bien construit. Le jeu tire beaucoup d'autres volets (et les améliorations) pour une concordance parfaite.

Depuis les incidents de Racoon City, aucun autre cas impliquant les A.B.O (Armes Bio Organiques) n'a été rapporté. Le laboratoire d'Umbrella corporation, centre de création du virus T en propagation, s'est quasiment effondré et le monde tente d'oublier tout l'incident. Selon les informations provenant des services de renseignement, un ancien chercheur d'Umbrella agissant en secret a contacté un homme au nom de Javier Hidalgo dans un petit pays d'Amérique du Sud. Dans cette mission, Léon fait équipe avec Jack Krauser pour la première fois et nous permet d'élucider le mystère sur Krauser.

Ici l'histoire débute comme resident evil 2, dans une ville fantôme infestée de zombies. Racoon City, une petite bourgade du Middle West américain entourée de régions boisées. Cet endroit paisible vivait de l'activité d'un géant pharmaceutique qui n'est autre que Umbrella corporation. Un jour cette entreprise va créer le virus T et infecter peu à peu la ville entière la transformant en une zone infesté de zombis peu intelligents, très résistants, mais surtout mangeurs d'homme. C'est le premier jour pour Leon S. Kennedy en tant que policier à la R.D.P, et constate avec effroi ce qu'est devenue cette ville. Il fait la rencontre de Claire Redfield, étudiante à forte personnalité, à la recherche de son frère Chris, membre des S.T.A.R.S, disparu. Ils font aussi par la suite connaissance d’Ada Wong. Ce chapitre est très fidèle à son volet, surtout au niveau architecturale. Contrairement au titre originale, Léon et Claire ne se quittent presque jamais et s'affectent à la même mission : protéger Sherry Birkin.
 

Tirer de Code Veronica l'histoire se passe après resident evil 2. Claire Redfield est toujours à la recherche de son frère, Chris Redfield. Trois mois après s'être échappé de Racoon City avec Leon, Claire est partie jeter un œil dans le laboratoire parisien d'Umbrella où elle sera capturée pour être envoyée sur l'île pénitentiaire d'Umbrella. Quand elle sortira de sa cellule, elle va vite se rendre compte que le virus T à une fois de plus fait des ravages. La prison et tout le reste de l'île sont infestés de zombies. Pendant sa cavale, Claire va rencontrer Steve Burnside, un jeune garçon qui était prisonnier ici et qui a profité du raid mystérieux pour s'évader de sa cellule. Ce n'est que vers la fin que Claire est retrouvée par Chris grâce à Leon. C'est à partir de cet instant (Steve étant fait prisonnier) que l'on peut jouer avec Chris. Ce chapitre est particulièrement fidèle à son volet.